一、企业内部机构设置的合法性分析
（一）企业内部机构设置涉及的法律法规

（二）国企内部机构设置合法性分析
1. 《企业内部控制基本规范》第十四条：企业应当结合业务特点和内部控制要求设置内部机构，明确职责权限，将权利与责任落实到各责任单位。
2. 《公司法》第四十六条：董事会对股东会负责，行使下列职权（八）决定公司内部管理机构的设置。
3. 《企业内部控制应用指引第1号－－组织架构》第九条：企业应当根据组织架构的设计规范，对现有治理结构和内部机构设置进行全面梳理，确保本企业治理结构、内部机构设置和运行机制等符合现代企业制度要求。
→结论：
    除上述规定外，其他法律法规、规范性文件中都只有内部机构几个字，具体的内部机构名称散见于其他法律规定。由此可知，企业根据自身业务特点设置内部机构，是企业自主决策事项，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗即为有效，但需做好职能权责划分。
 
二、国企必须设置的机构
1、党的工作机构
《中共中央、国务院关于深化国有企业改革的指导意见》
（二十四）……在国有企业改革中坚持党的建设同步谋划、党的组织及工作机构同步设置、党组织负责人及党务工作人员同步配备、党的工作同步开展，保证党组织工作机构健全、党务工作者队伍稳定、党组织和党员作用得到有效发挥。
《中国共产党支部工作条例(试行)》
第四条　党支部设置一般以单位、区域为主，以单独组建为主要方式。
《中国共产党党和国家机关基层组织工作条例》
第二条　机关基层党组织在上级党的委员会或者党的机关工作委员会和本单位党组（党委）（包括不设党组、党委的单位领导班子，下同）领导下，协助本单位负责人完成任务，改进工作，对包括本单位负责人在内的每个党员进行教育、管理、监督，不领导本单位业务工作。
→结论：党的组织机构以单独组建为主要方式，属于国有企业在机构设置中必须设置的机构。
 
2、工会
《工会法》第十一条
用人单位有会员二十五人以上的，应当建立基层工会委员会；不足二十五人的，可以单独建立基层工会委员会，也可以由两个以上单位的会员联合建立基层工会委员会，也可以选举组织员一人，组织会员开展活动。
《工会法》第三十六条第二款　
国有企业的工会委员会是职工代表大会的工作机构，负责职工代表大会的日常工作，检查、督促职工代表大会决议的执行。
→结论：工会是职工代表大会的工作机构，为保障职工利益，国有企业应根据法律要求设置工会。
 
3、会计机构
《企业内部控制基本规范》第三十一条第二款
企业应当依法设置会计机构，配备会计从业人员。从事会计工作的人员，必须取得会计从业资格证书。会计机构负责人应当具备会计师以上专业技术职务资格。
《会计法》第三十六条　
各单位应当根据会计业务的需要，设置会计机构，或者在有关机构中设置会计人员并指定会计主管人员；不具备设置条件的，应当委托经批准设立从事会计代理记帐业务的中介机构代理记帐。
《会计基础工作规范》
第六条　各单位应当根据会计业务的需要设置会计机构；不具备单独设置会计机构条件的，应当在有关机构中配备专职会计人员。
→结论：根据以上规制，企业应当设置会计机构并配备会计从业人员。
 
4、内部审查机构
《企业内部控制基本规范》第十五条
企业应当加强内部审计工作，保证内部审计机构设置、人员配备和工作的独立性。
内部审计机构应当结合内部审计监督，对内部控制的有效性进行监督检查。内部审计机构对监督检查中发现的内部控制缺陷，应当按照企业内部审计工作程序进行报告；对监督检查中发现的内部控制重大缺陷，有权直接向董事会及其审计委员会、监事会报告。
中央企业特别规定：《中央企业内部审计管理暂行办法》
第三条　本办法所称企业内部审计，是指企业内部审计机构依据国家有关法律法规、财务会计制度和企业内部管理规定，对本企业及子企业（单位）财务收支、财务预算、财务决算、资产质量、经营绩效，以及建设项目或者有关经济活动的真实性、合法性和效益性进行监督和评价工作。
→结论：企业应当加强内部审计，设立内部审计机构；但对于中央企业，其内部审计对象包括对本企业及子企业（单位），因此，子企业一定程度上可以简化内部审计机构设置。
 
5、中央企业特别规定：
国务院国有资产监督管理委员会关于印发《中央企业全面风险管理指引》的通知
第四十二条　企业应建立健全风险管理组织体系，主要包括规范的公司法人治理结构，风险管理职能部门、内部审计部门和法律事务部门以及其他有关职能部门、业务单位的组织领导机构及其职责。
→结论：中央企业的组织机构设置除了内部审计部门外，还对风险管理职能部门、法律事务部门有一定要求。